วัตถุประสงค์หลักของระบบ GFMIS คือ เพื่อออกแบบและจัดสร้างระบบการบริหารการเงินการคลังภาครัฐ ของประเทศไทยอย่างสมบูรณ์แบบ ทั้งในด้าน
- รายรับรายจ่าย
- เงินคงคลัง
- บัญชีการเงินตามเกณฑ์คงค้าง
- บัญชีทรัพย์สินถาวร
- บัญชีต้นทุน
- บัญชีบริหาร
รวมถึงการจัดซื้อจัดจ้าง การจัดทำ การอนุมัติ การเบิกจ่าย การปรับปรุง และการติดตามการใช้งบประมาณ ที่เน้นการวัดประสิทธิภาพและประสิทธิผลแบบ Output – Outcome
เพื่อให้เกิดฐานข้อมูลกลางด้านการเงินการคลังภาครัฐแบบ Matrix และ Online Real Time ตามโครงสร้างกระทรวง ทบวง กรม และพื้นที่จังหวัด โดยให้ทุกส่วนราชการเริ่มใช้งานระบบการเงินการคลังแบบอิเล็กทรอนิกส์ หรือ ระบบ GFMIS ได้ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2547