ในระยะแรก ระบบการบริหารการเงินการคลังภาครัฐแบบอิเล็กทรอนิกส์ หรือ ระบบ GFMIS เป็นระบบงานในการกำกับดูแลของคณะกรรมการกำกับระบบ GFMIS ซึ่งมีนายกรัฐมนตรีเป็นประธานกรรมการ และมีเลขาธิการนายกรัฐมนตรีเป็นกรรมการและเลขานุการ โดยมีหน่วยงานกลางที่เกี่ยวข้องและได้ร่วมออกแบบระบบ GFMIS ได้แก่ กรมบัญชีกลาง สำนักงบประมาณ สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน (ก.พ.) และสำนักงานบริหารหนี้สาธารณะ
ผลจากมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 7 พฤศจิกายน 2549 กระทรวงการคลังได้รับโอนงานระบบ GFMIS จากสำนักเลขาธิการนายกรัฐมนตรี โดยแบ่งความรับผิดชอบในการควบคุมดูแลออกเป็น 2 ส่วนดังนี้
1. สำนักงานปลัดกระทรวงการคลัง
โดยศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสารทำหน้าที่รับผิดชอบเป็นหน่วยงานกลางในการให้บริการด้านเทคโนโลยี โปรแกรมระบบงาน และเครือข่ายการดำเนินการของระบบ GFMIS แบบ Online Real Time โดยให้บริการแก่ทุกส่วนราชการ 24 ชั่วโมง ตลอด 365 วัน เพื่อประโยชน์ในด้านการปฏิบัติงานในการบริหารงบประมาณ การรับ-จ่าย การบัญชี และข้อมูลเพื่อการบริหารของภาครัฐทั้งหมดอย่างครบวงจร ตลอดจนวางแผน กำกับ และบริหารจัดการด้านเทคโนโลยีสารสนเทศของระบบ GFMIS ให้เกิดประโยชน์สูงสุดต่อภาครัฐ
2. กรมบัญชีกลาง
ทำหน้าที่รับผิดชอบในการควบคุมดูแลระบบงาน GFMIS ให้ดำเนินไปอย่างมีประสิทธิภาพสอดคล้องกับนโยบายของรัฐบาล เป็นที่ปรึกษาและเป็นศูนย์กลางในการถ่ายทอดความรู้และให้คำแนะนำแก่หน่วยงานต่าง ๆ ทั้งทางด้านนโยบายและระเบียบปฏิบัติงาน ตลอดจนเป็นศูนย์ข้อมูลด้านบุคลากรผู้ใช้ระบบงาน อีกทั้งทำการกำกับดูแลการเผยแพร่ข้อมูลต่าง ๆ ของระบบ GFMIS
ผ่านทางเว็บไซต์
โครงสร้างผู้รับผิดชอบดูแลระบบ GFMIS
สำนักงานปลัดกระทรวงการคลัง
- กำกับดูแลระบบบริหารการเงินการคลังภาครัฐแบบอิเล็กทรอนิกส์ (GFMIS) ในส่วนของ Hardware และ Software
- ให้บริการและสนับสนุนทางด้านข้อมูล เทคนิค และโปรแกรมระบบงานแก่หน่วยงานภาครัฐในการจัดทำรายงานมาตรฐาน รายงานการเบิกจ่าย การจัดทำงบการเงินของส่วนราชการและของประเทศ
- พัฒนาระบบบริหารการเงินการคลังภาครัฐแบบอิเล็กทรอนิกส์ (GFMIS) และระบบเชื่อมโยงข้อมูลจากหน่วยงานภายนอก เพื่อให้รัฐบาลมีข้อมูลการเงินการคลังในภาพรวมของประเทศ
- พัฒนาขีดความสามารถทางด้านเทคโนโลยีของระบบบริหารการเงินการคลังภาครัฐแบบอิเล็กทรอนิกส์ (GFMIS) ให้ทันสมัย โดยให้สามารถประมวลผลได้แบบ Online Real Time และสามารถประเมินผลได้แบบหลายมิติ รวมถึงเพิ่มเติม ปรับปรุง และขยายขอบข่ายงานให้สอดคล้องกับความต้องการของส่วนราชการตามที่ได้รับความเห็นชอบจากกรมบัญชีกลาง
- ตรวจสอบดูแลอุปกรณ์ด้าน Network และ Server ตลอดจนระบบรักษาความปลอดภัยเพื่อให้ระบบสามารถทำงานได้อย่างมีประสิทธิภาพ
กรมบัญชีกลาง
- กำกับดูแลและออกแบบระบบบริหารการเงินการคลังภาครัฐแบบอิเล็กทรอนิกส์ (GFMIS) ให้สอดคล้องกับนโยบายของรัฐบาลและหน่วยงานกลางที่เกี่ยวข้อง รวมทั้งติดตามประเมินผลการใช้งานและปรับปรุงกระบวนการทำงานของระบบ GFMIS
- เป็นที่ปรึกษาและศูนย์กลางในการถ่ายทอดความรู้และให้คำแนะนำแก่หน่วยงานต่างๆ ทั้งทางด้านนโยบายและระเบียบปฏิบัติในส่วนที่เกี่ยวข้องกับระบบบริหารการเงินการคลังภาครัฐแบบอิเล็กทรอนิกส์ ตลอดจนเป็นศูนย์ข้อมูลด้านบุคลากรผู้ใช้งานในระบบ เพื่อเป็นข้อมูลในการปรับปรุงหลักสูตรการฝึกอบรม
- ควบคุมดูแล แก้ไข ปรับปรุงระบบงาน GFMIS ตลอดจนประสานงานกับหน่วยงานภายในและภายนอก เพื่อร่วมกันแก้ไขปัญหาขัดข้องในการปฏิบัติงานตามระบบ GFMIS ของหน่วยงานภาครัฐ
- ดำเนินการเกี่ยวกับการกำหนดสิทธิของบัตร การออกบัตร ตลอดจนกำหนดสิทธิของส่วนราชการและหน่วยงานภาครัฐในการเข้าถึงระบบ GFMIS
- กำกับดูแลการเผยแพร่ข้อมูลรายงานต่างๆ ในระบบ GFMIS ผ่านทางเว็บไซต์